ご本尊
大師堂（御影堂）の御本尊である「弘法大師像」は大師４２歳の自作像で、境内にある池に御姿を映され、「衆生の厄除と未来結縁」を祈願し、自らが刻まれ安置されたものです。二度の兵火にも無事に免れ、今日なお霊験あらたかにご鎮座されています。
大師堂
大師堂（御影堂）は天正十八年（1590）に良心によって建立され、貞享年間（1684～88）頃に文堯によって再建された。構造形式は桁行三間、梁間三間、宝形造り、桟瓦葺き、南面建ちで正面に一間向拝を付けている。大師堂は霊廟建築としての伝統に忠実であり、近世初期の遺構として、当寺堂宇群を代表する枢要な存在である。また、当寺背後の小丘頂上に位置していて、宗廟に相応し＜環境は一段と静寂且つ清浄の雰囲気を醸し出している。
本堂
本堂（観音堂）は延宝年間（一六七三～八一）に建立されたとみられている。構造形式は桁行四間、梁間三間、入母屋造り、本瓦葺き、妻入りで南面建ちである。事の正面には一間向拝を出している。この堂は近世初期の真言宗仏堂としての正統的技術が保持され、内部も繊細で漂酒な空間が造成されている。そして空全体が世に丹生大師と尊称せられるに相応しい重厚さと品位ある風格を備えている
薬師堂
御本尊の「薬師瑠璃光如来」を祀る薬師堂。
当寺院は、西国薬師四十九霊場三十五番札所となっている。
護摩堂
護摩堂 （指定第五十二号） （平成二十年四月十六日指定）
護摩堂（不動堂）は宝暦十三年（1763）に示寂した了泉代の建立である。構造形式は桁行三間、梁間三間、入母屋造り、本瓦葺き、妻入りで小型の仏堂となっている。然し堂内は護摩壇を設けるために奥深く取り、高く広い空間を造っている。護摩堂は当寺他の諸霊堂と比べると簡素な仏堂であるが、当寺の主要伽藍の一画を占める大切な遺構である。
客殿
客殿（書院）は寛永十三年（1636）に長野九左衛門による寄付があり、同十九年（1642）の天井入用覚書があるので寛永年間（1624～44）に建立されたとみられている。構造形式は桁行実長六間半、梁間実長六間、入母屋造り、本瓦葺き、妻入りで南面建ちである。また、間取りは二列三室の六室構成とし、更に妻入りとしたことで奥行が深くなり、三列目の室を加えて都合九室構成となっている。この客殿は密教寺院の客殿の伝続を忠実に踏襲してあり、且つ当寺講堂の内でも由緒が最も古い。そしてその端麗な姿形は境内地自然全容との調和を又、仏閣全体の均整美を構成する上で重要な役割を果たしている。
仁王門
仁王門は四十六代宿線によって建立されているので、正徳三年から享保八年（1722～23）の在任中に建立されたとみられる。構造形式は三間二戸の楼門、入母屋造り、本瓦葺き、西面建ちである。全体として建ち高く、軒の出が深いため、雄大な印象を与える。下層ならびに上層の中央では中備に蟇股を置き、通し肘木の間に二連の巻斗を二段に配するなど組物への工夫が認められる。近世中期以後の多くの建築が彫刻を多用する中で、ここでは腰組、軒組などに創意を凝らすことで古式を遵守し、正統的な伝統を継承してあり、後世に残すべき貴重な楼門といえる。
仁王門は左右に金剛力士、持国天、多聞天を祀り、軒の出が深いため、雄大な印象を与えている。
